近年来，研究院获得国家社科基金项目20余项，教育部项目10余项，其中包括国家级重大课题3项，即周平教授主持的国家社科基金重大项目“中国的边疆及边疆治理理论研究”（11&ZD122）；周平教授主持的教育部重大课题攻关项目“边疆多民族地区构建社会主义和谐社会研究”(05JZD0036)；方盛举教授获得国家社科基金重大项目“我国边疆治理体系和治理能力现代化的系统理论及其指数化研究”（16ZDA058）。